28 Şubat İddianamesi’nde “Milli Güvenlik Kurulu (MGK) Genel Sekreterliği’nden YÖK’e yazılan belgede, dönemin MGK Genel Sekreter Başyardımcısı Korgeneral İlker Başbuğ tarafından imzalanan 25 Mart 2001 tarihli ve 4047 sayılı “GİZLİ-KİŞİYE ÖZEL” kaşeli belgede, Edirne Müftüsü A.E., eşi G.E. ve oğlu Selçuk Üniversitesi’nde asistan olarak görev yapan F.E. hakkında bilgiler verildiği ve inceleme yapılarak sunucu hakkında bilgi talep edildiği ifade ediliyor. YÖK Başkanlığı’nın 16.07.2001 tarihli Prof. Dr. Tuğmaç Sayraç imzalı cevabi yazıda ise Selçuk Üniversitesi tarafından gerekli incelemelerin yapıldığı belirtilerek, “F.E.’nin üniversitedeki görevinin atama süresi sonunda uzatılmayarak ilişiğinin kesilmesi ayrıca burslu yurt dışı görevlendirme talebinin uygun görülmediği bildirilmiştir.” deniliyor.

MGK Genel Sekreter Başyardımcısı Korgeneral İlker Başbuğ tarafından, 22 Mart 2001 tarihli el yazılı ve imzalı resmi olmadığı anlaşılan dokümanda YÖK Başkanına ithafen “Sayın Başkanım, Fırat ve Atatürk Üniversitesi’ne ilişkin bize iletilen raporu size sunuyorum. Saygılarımla.” ibareli not yazdığı belirtiliyor. Notun ekinde ise “ATATÜRK ÜNİVERSİTESİ RAPORU” başlığı ile başlayan dokümanda “Birçok profesör, doçent, yrd. Doçent ve öğretim görevlileri “Milli Görüşçü, Nekşibendi, Nurcu, Kırkıncı Grubu şeklinde fişleme bilgileri bulunduğu anlaşıldığı” dile getiriliyor.